Вообще, по логике последовательность не зависит от фрейм-рейта. Рассинхронизация возникает в том случае, когда фрейм-рейт проекта отличается от фрейм-рейта импортированной секвенции, а это зависит только от настроек импорта, в нашем случае, Премьера.
Да и я ж говорю, что старые секвенции, отрендеренные в 5-м Максе работают нормально...
Может поля перевёрнуты?