Если слои в прямом смысле, то через LIE (Layred Image Editor), в любом из окошек выбора текстурных карт. В принципе в дальнейшем можно и как слоёный мат пользовать, но лучше запечённую карту сохранить - LIE затягивает загрузку мата, оно не фатально, но бесит!
А если добавить опцию в мат, то наверно в Шейдер миксере.