У меня был подобный глюк только с камерой причем сгонял я по FireWire.
Это проблемы кодеков Мрeg4. Пришлось сначала сливать без сжатия потом тем же кодеком сжимать в DivX. Для монтажа сжатие Мрeg4 не подходит по причине пропуска кадров см. описание формата. Если ты хочеш нормально обрабатывать видео то его надо сгонять со сжатием MJpeg (кодек) или если проблема с местом на винте то Мрeg2(тот же DVD).