Kostyan, они оба на одном IDE-порте, на одном шлейфе сидят. Насчтет ФАТ - харду 2.5 года, тогда уже никто ФАТом не пользовался из-за ХП, так что маловероятно. На НТФС же убить MFT практически нереально - первые три записи дублируются в разных местах диска. И, опять же, ведь винда не на втором диске, если бы MFT косячила, винда бы упала с синим экраном.
Вот насчет контроллера - ИМХО, самая жизнеспособная версия.